Sinopsis:
En el siglo 21, un grupo de científicos descubrió un misterioso monolito cerca del lago Turkana, en Kenia. La sustancia contenida dentro de este, que más tarde recibió el nombre de "Zohar", se ha convertido rápidamente en una fuente de inmenso poder. La humanidad fue finalmente capaz de alcanzar las estrellas, fundando la Federación de la Galaxia y se dedicó a colonizar el espacio conocido.
En el + año 4767 T.C., o 7277 dC, de acuerdo con el viejo sistema de conteo de años, la humanidad ha dejado mucho tiempo el planeta Tierra, que ha pasado a llamarse "Jerusalén Perdido" y borrado de los mapas de estrellas, de manera que ya no se conoce. La sustancia original Zohar ha demostrado ser demasiado peligrosa, y fue sellada en el planeta Ancient Miltia, y la mayoría de los seres humanos recurren al uso de dispositivos menos potentes llamados "emuladores de Zohar" en su lugar. Sin embargo, algunas organizaciones aún siguen tratando de descubrir al verdadero Zohar, creyendo que era el camino al Jerusalén Perdido.
Mientras tanto, ha surgido una nueva raza de alienígenas conocida como Gnosis. La Corporación Vector decide desarrollar un androide llamado KOS-MOS para ser el arma definitiva contra la Gnosis. Shion Uzuki es una joven ingeniera que lleva este proyecto. Después de haber completado KOS-MOS, Shion y su equipo son atacados por los Gnosis. A través de una serie de eventos, Shion se convierte en el objetivo de la organización terrorista U-TIC y otras figuras misteriosas, cuyo objetivo parece ser el camino secreto a Ancient Miltia. Otros personajes se involucran en el conflicto, y, finalmente, Shion se da cuenta que ella no está sola en su lucha, y que el ataque inicial a Gnosis era más que una pequeña parte de una compleja conspiración de varias capas.
"Xenosaga: Episode I - Der Wille zur Macht", es el primer capítulo de una trilogía, es una juego de rol de ciencia-ficción de estilo japonés, que comparte muchos temas comunes y elementos de juego con "Xenogears". El sistema de combate no es diferente al utilizada en "Xenogears" (ataques combinados, medidores AP y PE, etc...), pero los encuentros al azar son eliminados. En lugar de ello, los enemigos son ahora visibles y las batallas se pueden evitar. Durante el combate los turnos de los pocos aliados y enemigos se muestran en pantalla, permitiendo al jugador a tomar decisiones estratégicas sobre en base de como actuara. Una ranura rodante se mueve con cada turno, lo que confiere un bonus como el daño añadido o bonificación de experiencia para cualquier acción en ese turno. Si el enemigo estaría en condiciones de tomar una ventaja, entonces el jugador puede contar con un personaje de "refuerzo" para pararlo, aunque los enemigos pueden hacer lo mismo.
Cada personaje tiene un árbol único de hechizos Éter que puede aprender gastando puntos de Éter que gana en combate, con los hechizos más bajos requiriendo ciertos hechizos para comprarlos primero. Además de comprar un hechizo, siempre que no requiera de un talento único de ese personaje, el hechizo también se puede comprar y aprender por cualquier otro personaje siempre que podamos permitirnos el doble de su costo normal. El Sistema de Armas Ajti-Gnosis se puede equipar con diferentes armas y accesorios y puede ser utilizado en combate, siempre que un personaje tenga suficiente AP en ese turno para abordar su AGWS.