Sinopsis:
Los Caballeros Blancos, una fuerza encargada de mantener de la paz del sistema planetario, tienen una misión: evitar que el malvado Imperio Norsa domine el mundo. La base de Norsa en el Planeta X debe ser destruida: un operativo llamado JJ es enviado para infiltrarse en ella y recoger los cinco disquetes que le permitirán introducir la secuencia de autodestrucción en la computadora central de la base. + Sin embargo, además de completar este objetivo principal, JJ también tiene que encontrar una manera de rescatar a sus amigos, Apple y Champ.
Basado en el anime del mismo nombre, "Zillion" es un juego de plataformas con un énfasis en la exploración y resolución de puzzles en vez de un juego de "saltar y correr" de ritmo rápido. El juego se desarrolla casi en su totalidad en la base subterránea. Las cápsulas que contienen los códigos de clave y power- ups se encuentran diseminadas por los vastos entornos. Los obstáculos más comunes incluyen guardias enemigos, alambres trampa, torretas láser y campos de fuerza. Las habitaciones deben ser desbloqueadas mediante el uso de tarjetas de identificación de equipo e introducir el código de cuatro dígitos correcto. Las acciones específicas tales como apagar las barreras, desactivar trampas, etc..., a veces son necesarias.
JJ utiliza un arma similar a la Light Phaser de la Sega Master System para defenderse y la onda expansiva para abrir las cápsulas. Power-ups para la salud, la velocidad, capacidad de salto, y el poder arma se pueden encontrar; Opa Opa, un personaje de los juegos de Fantasy Zone", proporciona mejoras de personaje.
Una vez que Apple o Champ son rescatados, pueden ser controlados por el jugador, con la posibilidad de cambiar entre los tres héroes. Cada uno de estos personajes tiene sus propias fortalezas y debilidades; Apple es más débil físicamente, pero es capaz de saltar más alto, mientras que Champ es más fuerte, pero más lento.