Sinopsis:
En un principio, el jugador se encuentra en su habitación con Joey Wheeler. El jugador, Joey Wheeler y Yugi Muto planean ir a una competición de duelistas. Joey Wheeler organiza su Deck y preguntaa al jugador cómo es. El jugador tiene dos opciones. Cualquiera que sea la que elija no afecta a la trama. Joey Wheeler se emo
ciona y habla de la competición, pero Yugi Muto no se encuentra allí, y Joey + Wheeler se impacienta. De repente entra Yugi Muto y les informa que El Rompecabezas del Milenio ha desaparecido junto con Yami Yugi. Entonces Yugi Muto y Joey Wheeler siguen al jugador por detrás (ellos lo seguirán la mayor parte del juego). Téa Gardner espera en la Plaza de la Torre del Reloj y está sorprendida por la mala noticia, pero la situación es que es aún peor. Ishizu Ishtar aparece informando que todos los Artículos del Milenio han desaparecido y pide al jugador ayuda para salvar al mundo de un ser oscuro, Reshef.
El objetivo del juego consiste en conseguir los Artículos Milenarios. Aparte, existen eventos aunque opcionales, como pelear contra Rebecca Hawkins. Estos se entremezclan con la tarea principal, como cuando se debe ir a ver la función de Kaibaman.
"Yu-Gi-Oh! Reshef el Destructor", siendo una secuela de Yu-Gi-Oh! Las Cartas Sagradas, ejecuta un sistema de combate similar a su precuela. Introducido sin embargo, los efectos del monstruo son continuos. Entre cada movimiento, un cursor se desplaza por la pantalla - si se detectan efectos de un Monstruo continuo, se aplican. Muchos de estos efectos monstruos son los que aumentan o disminuyen el ATK / DEF, como Slifer el Dragón del Cielo.
"Yu-Gi-Oh! Reshef el Destructor" aumentó la dificultad y duración del juego mediante el aumento de las restricciones de cartas. Muchas cartas ahora tienen un coste mucho más alto y la compra ha aumentado el precio de las cartas más que antes y el aumento de la capacidad del Deck se ha reducido drásticamente - el jugador sólo recibe un aumento insignificante de capacidad en uno cuando derrotar a un Duelista que puede ser retado varias veces y tres para algún Duelista que solo puede tener un duelo una vez.
El jugador también está sujeto a una lista de restricciones de cartas más restrictiva que antes. Por ejemplo, sólo se puede usar una copia de Tributo Torrencial en comparación con las tres que se podían usar en la precuela. Sin embargo, para el enfado de muchos jugadores, los oponentes controlados por la IA están restringidos por esta lista para compensar la falta de verdadero pensamiento, dando como resultado que los últimos duelistas puedan tener tres copias de Raigeki, Cambio de Fidelidad, Monstruo Renacido y así sucesivamente.
Por otra parte, los Puntos de Vida de un jugador puede alcanzar los cinco dígitos en lugar de gasto excesivo en 9999. Por desgracia, sus puntos de vida siempre se quedarán con la misma cantidad entre los duelos a menos que viajen a casa para recuperar sus Puntos de Vida. Teniendo en cuenta que el jugador necesita derrotar seguidos a varios oponentes del final del juego con más de los predeterminados 8000 puntos de vida, esto también ha demostrado ser una fuente de frustración.
