Sinopsis:
"Yu-Gi-Oh! The Falsebound Kingdom" toma una dirección diferente del resto de la saga, siendo más una mezcla de estrategia en tiempo real y con elementos de un juego de rol, semejantes a los de la serie "Final Fantasy" con un toque más táctico, además de que las típicas batallas de cartas toman un rol diferente. Curiosamente, algunas de las cartas del videojuego mantienen sus diseños del Juego de + Cartas Original.
Cuenta con la mayoría de los personajes principales de la serie de anime y manga, así como 155 monstruos. Al principio, el jugador puede elegir entre dos historias, la de Yugi Muto (Yugi Mutou en la versión inglesa y japonesa del manga de Yu-Gi-Oh! manga) y Seto Kaiba, pero luego el jugador puede conseguir la historia de Joey Wheeler (Katsuya Jonouchi en el manga en inglés y japonés) también. La historia de Yugi implica a Yugi así como a Joey, Tristán Taylor (Honda Hiroto en el manga en inglés y japonés), y Téa Gardner (Mazaki Anzu en el manga en inglés y japonés) al ser invitados a la prueba del juego de realidad virtual "Kingdom", creado por la compañia SIC. Cuando entran en el juego pronto se verán atrapados en su interior, y deben pedir ayuda alos personajes y monstruos del juego con el fin de derrotar al villano del juego, el Emperador Heishin, y finalmente detener los planes del diseñador del juego, Scott Irvine, que es controlar las tres Cartas de Dioses Egipcios. En un momento en la historia de Yugi, algunos de sus amigos tienen un lavado de cerebro y el jugador tiene que luchar contra ellos.
La historia con Seto Kaiba presenta a Kaiba y a su hermano Mokuba Kaiba, que también están atrapados en el juego. Inicialmente, ellos trabajan para el emperador Haysheen (Heishin), pero pronto se ponen en contra del Imperio. Un evento culminante en ambas historias se produce cuando Mokuba es secuestrado, y Scott fuerza a Kaiba a pelear contra Yugi. Al final de ambas historias hay sesiones que tienen lugar en una habitación secreta que va desde el entorno fantástico del juego hasta el funcionamiento interno de la computadora que está ejecutando el juego en sí. Cualquiera de los equipos debe derrotar a Scott Irvine, así como al enemigo DarkNite, portador de una de las cartas de Dios Egipcio (Obelisk al Atormentador en la historia de Yugi y Slifer el Dragón del Cielo en la de Kaiba). Después de vencer en una historia, la otra historia es más difícil, con monstruos de nivel superior. Esto se debe probablemente a la capacidad de llevar las estadísticas de los monstruos de una historia a la siguiente. En este modo más difícil aparece un villano adicional, Nitemare, que tiene la carta de Dios en el nivel 99 (que es el nivel más elevado).