Sinopsis:

El malvado científico loco Andross fue desterrado de Corneria y enviado al exilio al planeta más alejado del sistema Lylat, Venom, un planeta desértico y deshabitado desde donde comienzan a ocurrir extraños movimientos paranormales, llegando estos hasta Corneria. Un equipo de pilotos fueron enviados para investigar, el cual estaba conformado por Pigma Dengar, James McCloud y Peppy Hare, el antiguo escuadrón Star Fox. Una vez que llegan al planeta, Pigma traiciona al equipo siendo Peppy y James capturados por Andross. A pesar de esto, Peppy logra escapar y sobrevivir. Una vez que vuelve a Corneria, Peppy le comunica a Fox McCloud la muerte de su padre y se crea un nuevo equipo Star Fox liderado por Fox McCloud y que lo integran Falco Lombardi, Slippy Toad y Peppy Hare. Su misión es acabar con las hordas de Andross y liberar al sistema Lylat.