Sinopsis:
Una armada enemiga está invadiendo la Federación Unida de Planetas y el Comando de la Flota Estelar calcula que la Tierra será atacada en aproximadamente un mes. Así el jugador, tomando el control de James T. Kirk, el comandante del original NCC-1701 Enterprise, recibe la orden de detener esa invasión.
"WinTrek" es un juego de simulación de Star Trek, donde el jugador controla prácticamente todos + los aspectos del Enterprise, incluidos los que normalmente serían hecho por la tripulación.
Para navegar la Enterprise a través de los sectores y cuadrantes, el jugador no la "conduce", pero en cambio controla la estación de la navegación directa (de forma ajustada por supuesto, por lo que ninguno de los 360 grados se puede utilizar, y los límites de velocidad están ajustados, tanto impulso como teletrasportación). Durante el combate, el jugador tiene que gestionar escudos, disparar torpedos de fotones y phaser, tomando el control de la cantidad de dilitio (combustible) que se invierte en escudos y armas. Por último, el jugador debe gestionar el combustible dilithium (es decir, recargarlo en bases estelares) y asegurarse de que la nave no se rompa (sistema de daños).
El juego se gana cuando se destruye la armada enemiga, y se pierde cuando se destruye la armada de la Tierra, o cuando la nave controlada por el jugador se queda sin combustible o explota. Tanto el número de naves enemigas y los días disponibles para el jugador se establecen al azar cuando se inicia el juego.
El juego ofrece seis niveles de dificultad, que van desde Almirante (experto) a Tripulante (más fácil). En el juego, la estación de computadora actúa como un sistema de funcionamiento del ordenador, que permite al jugador obtener información no visible en las otras estaciones (por ejemplo, recuperar la posición de las bases estelares). La información se muestra en 11 subventanas de la ventana de juego, que son todas importantes y móviles.