Sinopsis:
Baten Kaitos Origins tiene lugar 20 años antes de los acontecimientos de la original Baten Kaitos. El personaje principal, Sagi, trabaja para el Imperio Alfard en una unidad de élite, el Servicio de oscuro, que depende directamente de un político poderoso, Señor Baelheit. A él se unen Guillo, que, aunque se asemeja a un Paramachina, o un títere mecánico, es realmente sensible y animado por arte de + magia. Al comienzo del juego, la unidad se da una asignación dudosa de asesinar al Emperador Olgan, aunque la fuente última de la orden no está claro. Antes de que los dos tienen la oportunidad de ejercer efectivamente o reflexionar sobre la moralidad de este acto, Olgan es asesinado por un tercero. Culpado por el asesinato, Sagi y Guillo se ven obligados a huir. Durante su escape, se encuentran con una bestia gigante llamado Umbra, que Guillo ha sido misteriosamente programado a la derrota. Al tratar de salir de la ciudad, se encuentran con el tercer miembro del partido, una joven llamada Milly. Los tres tienen que trabajar para limpiar el nombre de Sagi al tratar de descubrir la naturaleza de la amenaza causada por las maniobras de varios Alfard de los políticos hambrientos de poder, ya que trabajan en Vero Alfard de cuestor.
El tema general es la de una lucha entre los pro-magnation (el poder del corazón, las alas del corazón, y la magia) y pro-maquinación (mecánico) fuerzas.
