Sinopsis:
La historia comienza en la frontera del continente occidental, donde un Liger Zero, perseguido y disparado por un soldado Imperial, es rescatado por un científico llamado Azul Jem. Un segundo soldado, Solid, vuelve a reclamarlo, y la escaramuza atrae la atención de uno de los chicos locales, Alster. Este toma los mandos de Zero, y se enfrenta contra el Super Geno Saurer de Solid. En su lucha, el suelo se + abre bajo sus pies, dejándolos varados en un mundo subterráneo.
Al recobrar el sentido Alster se da cuenta de que está siendo observado - no por Solid, como el sospecha, sino por una niña que identifica a su Liger como la legendaria ¨Bestia Mítica Plateada¨ de su mundo. Al presentarse a sí misma de una manera indirecta como Palty, ella lo arrastra a hablar con su abuelo, el anciano de la aldea. Descubre que su Liger es el único Zoid que puede asustar al Berserk Fury que aterroriza las aldeas locales, y el anciano explica que él y el resto de los Zoids en el mundo subterráneo se han vuelto salvajes.
En ¨Zoids: Shirogane no Juukishin Liger Zero¨ el combate es por turnos y uno contra uno, con el jugador que lleva a su equipo de tres Zoids elegidos a enfrentarse contra los enemigos de uno en uno. Los encuentros al azar son siempre de Zoids individuales, y los jefes pueden ser Zoids individuales o venir con un par de acompañamiento Zoids a los que hay que derrotar primero. Las peleas mismas cuentan con animaciones recortadas (únicas para cualquier Zoid con un ataque especial) y las animaciones de un ataque que dan en el blanco a un Zoid, ambas de las cuales se puede quitar.
Las armas y la personalización son extremadamente simples: un Zoid tiene algunas ranuras para las partes, y todas las piezas funcionan de la misma forma en todos los Zoids. Hay algunas restricciones de tamaño, pero no son muy comunes. Usted tiene su opción de cuatro esquemas de colores predefinidos por Zoid, y un número extrañamente alto de ellos contienen esquemas de color rosa / morado. Las estadísticas se dividen entre cuerpo a cuerpo, láser / haz, y caparazón / armas explosivas sólidas, con cada Zoid teniendo ataque y defensa para ambos. Todo esto puede elevarse a un máximo de 255, con el uso de artículos, lo que significa que cualquier Zoid puede ser muy poderoso si está entrenado (aunque algunos tienen que estar más preparados que otros). Cabe destacar que para un juego Zoids, las armas cuerpo a cuerpo diferentes a los ataques especiales no pueden golpear a Zoids que vuelan desde el suelo.
El juego en sí se compone principalmente de aventuras en torno a un mapa del mundo y explorar diferentes cuevas y ruinas. Cada una de las ruinas de las armaduras Liger cuentan con rompecabezas progresivamente más difíciles, sobre todo de lógica y conjeturas, mientras que la parte de la tarjeta de acceso Panzer requiere leer contraseñas en kana (o de lo contrario la suerte).