Sinopsis:
El entorno del juego tiene lugar en un Japón un tanto futurista, combinado con elementos de fantasía. En el juego anterior, ¨Arcana Heart 2¨, una distorsión dimensional se produjo en la región de Kanto del país, causado por el ser primordial conocido como Angelia Avallone. Este evento llegó a ser conocido como el ¨Gran Incidente de Kanto¨. Las instituciones internacionales del Espíritu Santo + sufrieron duramente después del ¨Gran Incidente de Kanto¨, pero la restauración ha comenzado y han transcurrido cerca de dos meses.
En este momento, una familia que había recibido asistencia técnica durante la guerra en Europa ha creado ¨La Institución Drexler¨ para reanudar sus actividades en todo el mundo. La Institución Drexler estaba escondida en Japón. Europa Occidental fue devastada por la Oficina del Espíritu Santo dirigida por Mildred que había desertado desde entonces. La rama del oeste de la Agencia del Espíritu Santo de Rosenberg tuvo que ser completamente reconstituida. Poco después, se observó un gran número de distorsiones dimensionales en todo Japón. ¨Drexler¨ era un poco raro y poco natural, con su autoridad detrás de la escena también. Japón se embarcó en una convergencia del Oficio Santo para obtener el control de la situación. Buscaban estrechamente algún área en Japón que educara a varias ¨doncellas¨. Este recién llegado al que se le dio las habilidades de una ¨doncella¨ había comenzado sus actividades en la sucursal en Rosenberg. Con la autoridad adquirida de Drexler, un gran pedido había sido dado a hundir la totalidad de Japón después de seis días.
¨Arcana Heart 3¨ continúa con el uso de los arcanos, o seres celestiales basados en los personajes del Tarot. Además de los 23 personajes jugables, hay 23 Arcanos, cada uno sus propios poderes únicos, para aumentar las habilidades de las niñas. El juego añade un medidor de fuerza al sistema de lucha. Cuando está completamente lleno, el medidor de fuerza permite que el jugador realice una Extensión de Fuerza, una maniobra similar al Arcana Burst de juegos anteriores. El juego también agrega un ¨Modo Simple¨, que simplifica el diseño de los controles en un solo botón para cada función principal: un botón para ataques normales, un botón para movimientos especiales, un botón para los movimientos que implican el Arcana, y un botón de Homing Dash. La versión de consola tiene un modo historia y gráficos HD animados plenamente expresados para súper movimientos. También incluye el modo habitual de Entrenamiento, Score Attack, y el juego en línea.