Sinopsis:
Los problemas se están gestando en la ciudad de Gotham: El Joker tiene otro nefasto plan para acabar con Batman. Todo se inicia con un robo en el Museo de Gotham y termina con el Joker cayendo desde el puente de Gotham, siendo al parecer su muerte (como se muestra en los primeros niveles de juego). Ahora, otros supervillanos de Gotham, incluyendo Mr. Freeze y Hiedra Venenosa no descansan y quieren llenar + el vacío dejado por el Joker. Afortunadamente, Batman no está solo en sus esfuerzos para detenerlos, puesto que sus compañeros de confianza Robin y Batgirl están ahí para ayudarle.
¨Batman: Vengeance¨ para la GBA tiene la misma historia básica de su homólogo para consolas (y utiliza fotogramas de secuencias prestadas de esa versión para narrar la historia), pero es distinto a este. Ambos juegos están inspirados en la serie animada de televisión de Batman de la década de 1990 en lugar de los comics.
El juego tiene cuatro diferentes tipos de niveles:
-En los niveles de desplazamiento lateral, Batman corre y salta de izquierda a derecha, golpeando a varios secuaces con patadas y puñetazos. También puede utilizar varios gadgets: batarangs y bombas de humo para eliminar a los enemigos y un gancho para llegar a zonas inaccesibles de otro modo.
-En las etapas de Batmobile, vistas desde la parte superior, el Batmóvil tiene que alcanzar una meta en un plazo determinado. Naturalmente, el camino está lleno de tráfico y otros obstáculos que quitan tiempo del reloj o frenan a Batman. Afortunadamente, el Batimóvil está equipado con un arma que puede acabar con algunos obstáculos del camino.
-Es el turno de Robin y Batgirl en las etapas de Batplane, que son similares a los shootemups de desplazamiento lateral tradicionales. El Batplane tiene que ser dirigido a través de un paisaje de desplazamiento de forma automática, lleno de peligros voladores y varias armas. El avión puede hacerse invulnerable durante un corto período de tiempo mediante el empleo de un escudo de energía, y también está equipado con un arma para defenderse.
-Por último, Robin actúa en solitario en las llamadas etapas de rompecabezas. Visto desde la parte superior, Robin tiene que navegar por un laberinto de habitaciones y encontrar la salida. Las cajas bloquean el camino y tienen que ser empujadas en el orden correcto para liberar el camino. Contraseñas y tarjetas de acceso se deben encontrar para abrir las barreras. Para acceder a las zonas detrás de los agujeros que son demasiado pequeños para pasar, un robot controlado a distancia llamado el Batcrawler se puede utilizar. Estas etapas también tienen enemigos que deben ser derrotados.
Una vez que el juego se ha terminado en el modo historia, una contraseña se da para el modo Advance. El modo Advance cuenta con versiones ligeramente diferentes de los niveles originales con diferentes objetivos: en los niveles de Batmobile, de plataformas de desplazamiento lateral, y de puzzle, tres discos de datos deben ser recogidos y el final del nivel alcanzado antes de que el tiempo llegue a cero. En los niveles del Batplane, el Joker ha colocado tres ¨juguetes Pyro¨, que tienen que ser destruidos, de nuevo antes de que el tiempo llegue a cero.