Einar Wegener / Lili Elbe no fue la primera persona transgénero ni la primera en someterse a una cirugía de reasignación de sexo, sí estuvo entre las primeras, ni siquiera su nombre era Lili Elbe, después de la transición fue Lili Ilse Elvenes. El nombre ¨Lili Elbe¨ fue compuesto por la periodista de Copenhague, Louise (Loulou) Lassen, y se usa por primera vez en artículos periodísticos daneses sensacionalistas como pre-publicidad para la publicación del libro De hombre a mujer - Las confesiones de Lili Elbe (Fra Mand til Kvinde - Lili Elbe Bekendelser) donde comienzan muchos de los mitos e imprecisiones sobre la historia de la vida de Elvenes.

Las pinturas en la película fueron hechas por la diseñadora de producción de la película Eve Stewart y por la artista británica Susannah Brough. No eran réplicas exactas del trabajo de Gerda Wegener, tenían que ser adaptadas para porque no se parecían a Eddie Redmayne. El retrato original de la bailarina Ulla Poulsen, también fue alterado para parecerse a la cara de Amber Heard.

Cuando Nicole Kidman se convirtió en la estrella y productora de la película, luchó por mantener a una actriz para retratar a Gerda Wegener, mientras que ella misma interpretaría a Einar Wegener. Charlize Theron fue la primera opción para Gerda, pero se retiró en 2008. Su papel se le dio a Gwyneth Paltrow, quien también se retiró para pasar más tiempo con su familia. Se rumoreaba que Uma Thurman la reemplazó. En 2010, Marion Cotillard fue considerada para el papel, ya que ella y Kidman querían volver a formar equipo después de trabajar juntas en Nine (2009), y su otro proyecto posible, ¨The Rivals¨, se había archivado. En 2011, el papel se le dio a Rachel Weisz, quien también se retiró poco después. Alicia Vikander tomó el papel en 2014, cuando Tom Hooper se hizo cargo del proyecto. Consideró que este era un proyecto apasionante, y en un momento dado se consideró a sí misma, a raíz de las dificultades para encontrar un director y un financiero. Kidman nunca abandonó el proyecto, pero en 2014, Tom Hooper se unió y decidió en cambio elegir a Eddie Redmayne. Tom Hooper leyó el guión por primera vez en 2008 (cuando era el proyecto de Kidman); en 2012 mostró el guión a Eddie Redmayne mientras filmaban Los miserables (2012) y lo eligieron como el protagonista. Hooper y Redmayne se anunciaron oficialmente en el proyecto en abril de 2014, aunque habían estado involucrados en él durante 2 años.

Eddie Redmayne ganó un Oscar por ¨La teoría del todo (2014)¨ durante el rodaje temprano de esta película. A Redmayne se le otorgó un descanso de fin de semana para asistir a la ceremonia de los Premios de la Academia y finalmente aceptó su premio en persona. Luego voló al set y reanudó la filmación.

El rodaje de las 186 escenas tuvo lugar durante un total de 44 días en seis países (Inglaterra, Dinamarca, Bélgica, Alemania, Francia y Noruega). El rodaje se hizo incluso en domingos y finalizó en la Pascua de 2015.
La escena en la que Einar es golpeado por dos hombres en París no sucedió en la vida real.
Las escenas de París fueron filmadas en Bruselas, Bélgica.

Los archivos históricos afirman que Gerda Wegener era lesbiana y que prefería la feminidad de Lili a la masculinidad de Einar y que tenían una relación abierta. Gerda vivió abiertamente como lesbiana cuando vivía en París con Lili. La historia de amor retratada en la novela y en esta película es ficción, Gerda y Lili no permanecieron cerca después de que su matrimonio fuera anulado. De hecho Gerda se casó con un soldado pero al poco tiempo se divorció, se mudó de país y al poco tiempo falleció. Una fuente de información más precisa es la autobiografía de Lili Elbe, ¨Man to Woman¨. Niels Hoyer aparece como el autor, pero ese es un seudónimo de Ernst Ludwig Hathorn Jacobson, el editor de Lili que reunió sus cartas, entradas en el diario y material dictado para formar el libro.

Cuando Tom Hooper leyó por primera vez el guión, afirmó haber llorado tres veces. Fue entonces cuando supo que tenía que dirigir la película.

Es un relato ficticio de la vida de Einar Wegener / Lili Elbe, no una biografía real, como algunos piensan. El autor cambió tantos elementos de la historia de Einar Wegener que los personajes del libro son completamente ficticios, ningún otro personaje de la novela tiene ninguna relación con una persona real, viva o muerta.

El 9 de febrero de 2016, Alicia Vikander reveló a The New York Times que los cineastas estaban obsesionados con el hecho de que ella no se veía escandinava. ¨Palidecieron mi piel, para hacerme más ligera. La gente dice que estoy bronceada, pero ese es mi color natural¨, dijo Vikander. Gerda Wegener era una mujer danesa rubia y de ojos azules con piel pálida, mientras que Vikander es una morena natural con ojos marrones y piel aceitunada. Además de aclarar su piel, Vikander también tuvo que usar pelucas rubias en la película.

Los únicos actores trans en la película trabajaron como extras. La actriz Rebecca Root interpreta a una de las enfermeras de Lili, y Jake Graf, un hombre transgénero, también interpreta una pequeña parte junto a Matthias Schoenaerts en la galería de arte durante la exhibición de los retratos de Gerda. Jake Graf reveló en su cuenta de Instagram el 5 de enero de 2016, que el resto de sus escenas con Schoenaerts fueron enviadas a la sala de montaje.