En "Valkyrie Profile: Covenant of the Plume" el jugador asume el papel de Wylfred, un joven guerrero cuyo padre murió en la batalla, cuando todavía era un niño, mientras que él estaba protegiendo a un amigo. Él y su familia sufrieron mucho a causa de la muerte del padre y su hermana murió también de hambre. Wylfred ahora busca venganza contra los dioses por traer mala suerte a su familia, pese a que su padre hizo un gesto honorable. El sistema de batalla es un cruce entre los juegos de rol tácticos y los juegos anteriores de "Valkyrie Profile". La batalla tiene lugar en una cuadrícula con los gráficos 3D isométricos, pero cuando una unidad ataca a otra los movimientos de combate pasan a una vista más cercana, donde el jugador tiene que hacer combos machacando botones para derrotar al enemigo. Cualquier unidad que esté cerca del atacante y en el mismo clan se lleva a cabo en el combate también, así que es una gran ventaja contra los oponentes de los alrededores. Otra característica única de este juego es que el jugador puede utilizar una pluma maldita para hacer del personaje ultrapoderoso, pero muere después de la batalla. La forma en que el jugador actúa durante las batallas puede afectar a la historia también.