Similar a los dos primeros juegos, presenta un mapa de "gestión" (el "Cityscape") y modo de combate isométrico (el Battlescape). El modo de gestión se lleva a cabo en una sola ciudad llamada Mega Primus, en lugar de ser repartidos en todo el planeta Tierra como en los juegos anteriores. Además, "Apocalypse" fue el primer juego de la serie X-COM en incluir una opción de combate en tiempo real, así como el tradicional modo basado en turnos. "Apocalypse" ofrece una nueva interfaz re-hecha con nuevos gráficos. Es más compleja, y la tarea de mantener y aumentar la financiación de la organización X-COM se extiende ahora a no sólo interceptar OVNIs, sino también a reducir al mínimo los daños colaterales, prevenir la toma del poder hostil por parte de los aliens e incluso incursionar en los edificios de otras organizaciones, de los cuales hay varios en Mega Primus.