El juego tiene lugar después de los eventos de "Kingdom Hearts 2" y sigue la historia de Pepito Grillo, el Rey Mickey, Donald y Goofy en el Castillo Disney. Pepito estaba organizando las entradas de los diarios en sus viajes con Sora y sus amigos. Pero la curiosidad de Pepito Grillo sobre la frase "Gracias Naminé" y la búsqueda de su significado provocó que Pepito Grillo encontrara algo que él no escribió: "Hay que volver a liberarlos de su tormento". Para investigar este mensaje, el Rey Mickey digitaliza el contenido del diario y entra en los mundos virtualizados para investigar, despertando un Sora y unas Islas del Destino virtuales para saber el significado de ellos (referencia a la frase "Hay que volver a liberarlos de su tormento", hallada en el diario de Pepito). A medida que el Sora virtual se despierta en las Islas del Destino se encuentra con numerosos "bugs" (errores), que adoptan la forma de bloques de color rojo y negro, que abarcan el mundo entero. A medida que investiga estos bloques, se encuentra una figura extraña crea un ojo de la cerradura, y en su interior hay un Sincorazón gigante, derrotando a este y después, se destruyeron todos los bloques negros de la isla. Sin embargo, Sora queda atrapado en la oscuridad, que lo envía a Ciudad de Paso, que recuerda los acontecimientos del primer juego.