Pocos días después de los acontecimientos descritos en "Tomb Raider: The Last Revelation", Lara Croft se presume muerta. Sus amigos comienzan a recordar sus aventuras anteriores, que se produjeron durante los diferentes períodos de su vida. Estos incluyen la búsqueda de la piedra filosofal, en Roma, la prevención de la lanza del destino de caer en las manos del líder de una banda despiadada; enfrentamientos contra monstruos en la Isla Negra de Irlanda como una niña y, por último, infiltrándose en un complejo de alta tecnología en la búsqueda del artefacto Iris. Al igual que sus predecesores, "Tomb Raider Chronicles" es un juego de acción basado en la resolución de puzzles y elementos de plataformas. El modo de juego es muy similar a la de los juegos anteriores, con la adición de algunas nuevas habilidades. Lara ahora puede caminar sobre la cuerda floja, hacer swing en las barras horizontales y dar saltos mortales hacia delante desde una cornisa, mientras se agacha. Un gancho se ha añadido a su inventario. El juego también incluye un editor de niveles, lo que permite al jugador crear nuevos escenarios que Lara puede explorar.