"Game Boy Wars 3", es la tercera y última entrega de "Game Boy Wars producida por Hudson, fue lanzado el 30 de agosto de 2001 en exclusiva para la Game Boy Color. El título de trabajo durante el desarrollo del juego fue Game Boy Wars Pocket Tactics. El modo de juego de "Game Boy Wars 3" es una desviación de los anteriores "Game Boy Wars", siguiendo esta entrega el modelo de la saga de simuladores de guerra "Nectaris", también producida por Hudson. Por ejemplo, las unidades de ataque indirectos pueden ahora moverse y atacar al mismo tiempo en un turno. En contraste con los anteriores títulos de "Game Boy Wars", el fondo requerido no es suficiente para producir algunas unidades. El jugador debe proporcionar los materiales de construcción para las fábricas y ciudades. Para ello, el jugador debe desplegar unidades de construcción para estos sitios y los materiales de construcción. Estas unidades de obra se pueden utilizar para cortar árboles y crear caminos. "Game Boy Wars 3" cuenta con un modo Principiante, que le da al jugador un tutorial de 16 partes sobre la forma de jugar el juego, así como un modo normal en el que el jugador puede luchar contra la CPU u otro jugador en uno de los 60 mapas. También hay un modo de campaña en el que el jugador debe luchar a través de más de 45 mapas diferentes, que son dictados por una historia, que tiene varios puntos de ramificación determinados por el rendimiento del jugador. Una característica exclusiva en el modo Campaña es la capacidad de reasignar unidades supervivientes de una batalla anterior en la siguiente. Las unidades de ganar puntos de experiencia a través del combate, lo que les permite ser promovidas de una de las cinco filas (D, C, B, A y S), lo que aumenta su fuerza. Las unidades que alcanzan un rango S pueden ser transformadas en un nuevo tipo de unidad.