Este nuevo título está ambientado en torno al año 49 a. C., con el reinado de Cleopatra VII,​ en el Antiguo Egipto​ dominado por la República Romana,​ ya que en el logo del videojuego aparece el Ojo de Horus,​ que coincide con el origen de la Hermandad de los Asesinos. El jugador toma el rol de un Medjay llamado Bayek que protege a la gente del Reino Ptolemaico en un tiempo de disturbios. El faraón, Ptolomeo XIII, lucha por mantener su poder al tiempo que ambiciona con expandirlo. Su hermana, la reciente depuesta Cleopatra, empieza a organizar un contra-golpe hacia él, y las frecuentes incursiones de la República Romana bajo el comando de Julio César llevan al temor de una invasión. El objetivo de Bayek como un Medjay es contactarse con las fuerzas secretas manipulando esos eventos y convirtiéndose en uno de los primeros asesinos.