El juego empieza con el nuevo Turok, Joshua Fireseed, apareciendo a través de un portal delante de una persona de piel azul llamada Adon. Ella le explica que ha sido llamado por el Señor de Lost Land (la Tierra Perdida), Lazarus Concordance, para vencer a una poderosa entidad alienígena llamada The Primagen. El Primagen es una criatura encarcelada durante un largo período en los restos de su aeronave después de intentar conquistar Lost Land y sellado mediante cinco dispositivos llamados los Totems de energía. Ahora, a causa de nuestras acciones en el primer Turok, ha movilizado a varias criaturas, su propio ejército de tropas artificiales de Dinosoid y otros que ha comprado con la promesa de armas y recursos, para intentar destruir estos objetos. La tarea de Turok es bastante simple; él debe localizar los cinco Totems de energía y destruir todas las fuerzas movilizadas para atacarlas, y entonces destruir al mismísimo Primagen para terminar la amenaza creada sobre Lost Land desde que él está. Durante el transcurso de la aventura, él debe vencer a las armadas de Primagen mientras adquiere los ancianos poderes mágicos de los Talisman Chambers. En el trascurso del juego, una misteriosa entidad, llamada ella misma como 'Oblivion', intentará frustrar la aventura de Turok creando falsas copias de los portales mandándole a lugares habitados por sus sirvientes, los Flesh Eaters. Esta parte del argumento dará lugar a la secuela.