odo empieza en la casa de Link, cuando de repente se le aparece una hada Navi, que le comunica que debe ponerse el armamento rápidamente y dirigirse ante el gran árbol Deku (el gran sabio) para que le encomiende una importante misión. Link consigue apoderarse de un escudo y un arma y se dirige en busca del árbol Deku. Una vez enfrente de él, Deku le explica que algo extraño está pasando en Hyrule, algo que puede cambiar el orden de todas las cosas, y por ello llegar a formar el caos. La misión de Link es averiguar qué se está tejiendo, resolverlo y, sobretodo, conseguir que la trifuerza (un arma creada por tres diosas con el fin de que si la posee alguien de corazón noble, la paz en el mundo persista y, en cambio, si la posee alguien con pensamientos malignos el mundo sucumba), no caiga en manos del mal.