Después de que su pasado le persiga, vemos a 47 refugiarse en un monasterio de Sicilia. Intentando poner atrás su cruel pasado, comienza una nueva vida como un simple jardinero de iglesia. Pero esa aparente tranquilidad se ve rota cuando el Padre Vittorio (su amigo, por aceptarlo con su pasado), es secuestrado por la mafia. Es aquí donde comienza la caza de los secuestradores, 47 se contacta con la AGENCIA a través de Diana, la cual le irá dando información cada vez mas detallada o menos según sea la misión que deba ir realizando 47 para poder seguirle la pista a los plagiadores. A través de eso, 47 pasará por diferentes lugares comenzando en Sicilia, después St. Petersburgo, Japón, Malasia, Nuristan e India.