El 31 de octubre de 2008, la revista Time la nombró número 15 en el Tiempo ¨s Top 50 inventos de 2008.
También ganó el People¨s Choice Award por ¨Favorite Online Sensation¨, y el Premio 2009 Hugo por Mejor Presentación Dramática, Short Form.
En la inauguración de 2009 Premios Streamy para la televisión por la web, el Dr. Horrible ganó siete premios: Premio del Público a la Mejor Web de la Serie, Mejor Dirección de una Serie de Comedia Web, Mejor Guión de una Serie de Comedia Web, Mejor Actor en serie de comedia Web (Harris), Mejor Montaje, Mejor Fotografía y Mejor Música Original Música.
También ganó en 2009 Primetime Emmy para la Clase Especial Pendiente - Corto formato Live-Action Entretenimiento Programas.