Este juego tiene lugar tras los eventos de "Ape Escape 1", en el que Kakeru (Spike en la versión americana) evitó que Specter dominara el mundo. Unos años más tarde, el Profesor se va de vacaiones y deja a su nieta Natsumi (Natalie) y Hikaru (Jimmy) al cuidado del laboratorio con una misión: enviar un lote de pantalones cortos para mono con destino a Monkey Park. Hikaru, accidentalmente, no sólo envía los pantalones, sino también los Peak Point Helmets. Specter, de nuevo, reúne a un ejército de monos para dominar al mundo. Hikaru trata de capturar todos los monos, pero sobre todo, a Specter. Pero Specter tiene a su disposición a 5 monos con plátanos Vita-Z, que los hace más fuertes e inteligentes de la media entre los monos.