Basado en la serie manga "3x3 Ojos", el juego cuenta la historia de un joven llamado Yakumo Fujii. Él vive en Tokio y disfruta de la vida de un adolescente promedio: estudia en la escuela, trabaja como camarero en un trabajo a tiempo parcial, se pasea con los amigos, y así sucesivamente. Pero un día, conoce a una misteriosa niña llamada Pai. Pai es la única superviviente de una raza antigua llamada "sanzhiyan" (que en chino significa "tres ojos"). Hace mucho tiempo, estos descubrieron el secreto de la inmortalidad, pero como resultado perdieron su forma humana, y algunos de ellos mutaron en demonios horribles. El sueño de Pai es llegar a ser humana otra vez. El padre de Yakumo era su fiel amigo, pero él murió, y deseaba que su hijo siguiese ayudando a Pai. Al principio Yakumo no se siente muy entusiasmado con eso, pero a través de un extraño accidente su naturaleza se vuelve inseparable de Pai, y él mismo se vuelve inmortal. Él no tiene más remedio que ayudar a Pai. Viajan por todo el mundo, desde Hong Kong a México, en busca de su humanidad perdida, y se enfrentan contra los restos de la raza demoníaca. "3x3 Eyes: Seima Kōrinden" es un RPG japonés ubicado en los tiempos modernos. Los personajes controlados por el jugador pueden viajar de un lugar a otro en avión, o montar al demonio alado de Pai. En su viaje Yakumo y Pai conocerán a otros personajes que se unen al grupo, y visitan ciudades y mazmorras, donde lucharán contra los enemigos en un estilo basado en turnos. Las batallas se ven desde una perspectiva en primera persona. Cada personaje tiene diversos hechizos y técnicas que se pueden utilizar en las batallas.