Durante el día, la vida del protagonista es de lo más normal. Un estudiante corriente en el instituto Syujin. Pero cuando cae la noche... Se convierte en el ladrón Persona Arsene. Junto al resto de estudiantes que irán apareciendo y conociéndose durante la trama del juego, vivirás en las calles de Tokyo una importante misión: desentrañar el misterio de un poder sobrenatural que se extiende por la sociedad. Para ello harán uso de uno un poder llamado "Persona", la representación de su alter ego, y junto al resto de personajes formarás el equipo "Phantom Thieves of Heart". Juntos exploraréis el reino de "The Palace", lugar que representa las mentes distorsionadas de los adultos, y en él tendrás que hacerte con un tesoro con el cual podrán devolver el equilibro a los seres humanos.