Un año después de vencido El Jaquio, una misteriosa figura invoca a la Espada de la Oscuridad, para terminar la tarea de resucitar al Demonio. Es nuevamente misión de Ryu averiguar de quién se trata y cuáles son sus propósitos. En esta nueva versión de Ninja Gaiden, Ryu puede escalar los muros, y los contenedores de items, artes y power-ups ahora tienen una sola forma definitiva durante todo el juego de modo que son fácilmente reconocibles. Ryu comienza el juego (y también cada vez que es eliminado) con el Shuriken más básico, desaparecen las artes del Reloj de Arena y el "Jump and Slash" pero aparecen otras nuevas, y el Arte del Fuego invencible se puede ahora utilizar a discreción y no desaparece tras ser utilizado. También en esta ocasión Ryu cuenta con los fantasmas, que son dos hologramas de color rojo idénticos a Ryu que atacan con la espada al mismo tiempo que Ryu, simulando sus movimientos, además de no poder ser dañados y seguir a Ryu a cierta distancia, son de gran ayuda para eliminar algún enemigo que persiga a Ryu o dañar a algún jefe que no se encuentre al alcance de Ryu mas sí de alguno de estos "fantasmas". Se pueden obtener a lo largo de todos los Actos en los contenedores de items. No desaparecen al terminar un acto y sólo se pierden cuando Ryu muere.