La historia comienza con una joven Lara Croft, acompañada por su antiguo mentor, Werner Von Croy. Juntos viajan al templo de Angkor Wat en Camboya con la esperanza de encontrar el mítico Iris. La expedición terminó en desastre cuando Von Croy activó una trampa en la que quedó atrapado, y Lara tuvo que abandonarlo para evitar el mismo destino. Von Croy sobrevivió, pero el incidente causó un rencor entre ellos que perduró durante años. Cuenta una antigua leyenda egipcia que el malvado dios Seth fue víctima del engaño y hecho prisionero en una remota tumba en el Valle de los Reyes, advirtiendo que Seth volverá para vengarse. Durante una exploración en el Valle de los Reyes, Lara Croft descubre la tumba de Seth y, sin saberlo, lo libera desatando su antiguo mal al coger del pecho del sarcófago de Seth el Amuleto De Horus, el Ankh, cumpliéndose así la profecía que amenaza con destruir a la humanidad y someterla a la oscuridad eterna. Por ello Lara deberá revertir el daño causado y encerrar de nuevo al dios Seth para siempre en las profundidades de la gran pirámide, con la ayuda indirecta del dios Horus, resolviendo cualquier cantidad de acertijos y reuniendo las piezas necesarias para lograrlo.