Coded Arms Contagion introduce a los jugadores en una nueva crisis cibernética en la que tienen que utilizar sus habilidades como hackers y un arsenal de poderosas armas. Como un agente de seguridad en solitario, el jugador empezará en A.I.D.A., un programa de entrenamiento realidad virtual militar, para evitar que los ciber-terroristas tomen el control del programa y accedan a información clasificada. Los hackers creen que AIDA no debería estar restringido sólo para el uso gubernamental. El agente debe utilizar sus habilidades informáticas y en combate para desinfectar el sistema de los virus introducidos para poder escapar