El jugador puede cambiar de tortugas antes de cada etapa. Cada tortuga tiene sus propias fortalezas y debilidades. Donatello tiene un largo alcance de ataque, pero sus ataques son lentos, Raphael ataca rápido pero tiene un alcance muy corto, y Leonardo y Miguel �ngel son equilibrados. Cuando una tortuga es derrotada, es capturada por el enemigo. El juego termina cuando todas las tortugas son capturadas. Después de completar una etapa, el jugador tiene la oportunidad de rescatar una tortuga capturada. Si no hay tortugas fueron capturadas, el jugador entra en una fase de bonificación en su lugar.