Anna recibe una llamada de su tío Ben, el gerente del parque zoológico de su familia, diciendo que algunos de los animales han sido robados recientemente y que él es incapaz de atender a la situación porque se ha quedado atascado en China. Ella va al lugar e inicia una investigación, buscando en todos los edificios circundantes y entrevistando a la gente para recopilar pistas sobre el misterioso crimen. ¨3 Days: Zoo Mystery¨ es un juego de objetos ocultos con elementos del género de aventuras. Como el personaje principal, el jugador tiene que investigar varios lugares, que se muestran como fondos de pantalla con poca animación. Durante la mayor parte del tiempo, el objetivo es encontrar y hacer clic en todos los elementos que se muestran como imágenes en las ranuras en la parte inferior de la pantalla. El cursor cambia de forma cuando se cierne sobre una parte interactiva del paisaje. Se convierte en una mano al pasar sobre un objeto que puede ser arrastrado y trasladado fuera del camino, por lo general revelando uno de los elementos necesarios ocultos debajo de este. Algunos objetos se almacenan en el inventario en el lado derecho, y deben ser utilizados para resolver los puzzles arrastrando y soltándolos en partes del paisaje u otros personajes. La mayoría de los lugares tienen más de una variación de juego, donde el jugador tiene que encontrar varias instancias del mismo objeto y volver a poner los elementos que faltan. Algunas partes de la escena llevan a una pantalla independiente con un rompecabezas, que puede ser una aplicación de juegos clásicos como una Torre de Hanoi con platos, sopa de letras, rompecabezas de deslizamiento de azulejos y más originales. El botón de pista muestra la posición de uno de los objetos necesarios, pero toma un poco de tiempo para recargar después de su uso.