El objetivo es derrotar al oponente en una batalla llenando su área de juego hasta la parte superior de la pantalla con basura. Los Puyos, pequeñas criaturas gelatinosas con ojos, caen desde la parte superior de la pantalla en pares de distintos colores (aunque en entregas recientes, como por ejemplo, Puyo Puyo Fever, pueden llegar en tripletes, parejas dobles y Bigpuyos (bloques cuadrados de 4 puyos). El par puede moverse de izquierda a derecha, y rotarse 90° en sentido de las manecillas del reloj o en sentido contrario (aunque los Bigpuyos cambian de color en vez de rotar.) La pareja cae hasta tocar el suelo del área de juego u otro par de puyos, siguiendo las leyes de la gravedad. El par se rompe, de modo que el otro puyo (o los otros) cae libremente hasta que él (o ellos) caigan en otro puyo o en la parte inferior de la pantalla.