El pistoletazo de salida tiene lugar con una introducción que nos sitúa directamente en los acontecimientos que tuvieron lugar al finalizar Xenoblade, en la hipotética realidad donde dos razas alienígenas pelean entre sí en lo que parece ser la órbita del planeta Tierra. La raza humana se ve forzada a luchar y posteriormente a abandonar su hogar para dirigirse a un nuevo planeta en el que aterriza de forma brusca. Entre los supervivientes se encuentra nuestro alter-ego virtual, una figura que podemos personalizar a través de distintas capas en las fases previas a la primera toma de contacto real con la mecánica de juego.