Hay un modo en el cual el jugador puede introducir contraseñas para conseguir trucos como todas las armas, elegir nivel incluso poner grandes cabezones para los enemigos. Destaca que existe un supertruco el cual se escribe ¨BEWAREOBLIVIONISATHAND¨ en la versión de N64, y ¨OBLIVIONISOUTTHERE¨ en la versión de PC, en el cual se activan todos los trucos disponibles.

Hay un error en el modo multiplayer que permite, utilizando un truco, cambiar de fase durante el modo multijugador que permitía a los jugadores que estaban jugando en ese momento jugar a las misiones individuales (el modo historia) cooperativamente; esta característica estaba añadida en las primeras versiones del juego, pero que fue eliminada en la versión final. La causa es que no se podía llegar muy lejos porque los teletransportes y los portales no funcionan en este modo provocando bloqueos ocasionales. Sin embargo, la batalla contra los jefes finales puede hacerse muy divertida utilizando este truco. De todas maneras, existe una manera de jugar todo el juego utilizando este truco mediante el Action Replay o Gameshark que fijan los portales de enlaces entre las áreas del juego.