Nosotros seremos Ethan Cole, un soldado del HAZMAT, una unidad de control biológico. La razón de nuestra presencia en la base es evidente: un extraño virus se ha extendido por las instalaciones, haciendo que el personal habitual militar y científico haya sido substituido por alienígenas o se haya convertido en zombies de aspecto alienígena. Acompañados de un equipo que irá mermándose a medida que avancemos, tendremos que surcar las instalaciones subterráneas de la base haciendo frente a los numerosísimos enemigos con todo tipo de armas, crecientes en poder y sofisticación a medida que avancemos en el juego, hasta llegar al fondo del asunto que, como no podía ser de otra forma en un juego cuyo protagonista está doblado por David Duchovny –Fox Mulder-, tiene un fondo conspiratorio.