Un día, Wario volaba con su avión, pero se desploma mientras que está volando sobre los árboles. Ileso, pasa el resto de su tarde vagando entre los árboles y la maleza del bosque hasta que tropieza sobre una cueva misteriosa. Dentro de la cueva descubre una caja de música mágica, y este artefacto aspira a Wario. Dentro de ésta, una figura misteriosa informa a Wario de que él había gobernado una vez el mundo dentro de la caja de música, hasta que un mal le encerró y la única manera de liberarle es encontrar cinco cajas de música. A cambio de encontrar las cajas musicales y liberarle, promete a Wario devolverle a su mundo y poder quedarse con todos los tesoros que encuentre. Tentado por el pensamiento de la vuelta a su propio mundo con un montón de tesoros, Wario sale en busca de las cajas de música y de los muchos tesoros de esta tierra misteriosa. Después de recoger todas las cajas de música, Wario vuelve al templo habitado por el ser misterioso. Una vez que él está allí, las cajas de música tocan una canción y liberan al ser misterioso que resulta ser Rudy, el verdadero antagonista del juego. Rudy es un dios que gobernaba el mundo de la caja de música, pero antes de ser encerrado transformó a todos sus habitantes en bestias (las que Wario derrotó). Después de derrotar a Rudy, Wario se encuentra a los habitantes de la caja de música, ahora restaurados a sus verdaderas formas.