Donkey Kong 64 comienza con una vista al lugar donde sucede la mayor parte del juego: la Isla Donkey Kong (no es igual a la de la saga de "Donkey Kong Country"). Luego, se muestran los planes de King K. Rool de destruir dicha isla. Para distraer a DK, ordena secuestrar a sus amigos y robar las Bananas Doradas (201 en total). Luego, DK es avisado por Sqwawks el loro, y de inmediato se pone en acción.