La historia se sitúa tiempo después de la última entrega, con un Sam Fisher destrozado por la muerte de su hija a manos de un conductor que se dio a la fuga después de atropellarla. Vive amargado por los recuerdos, pero todo cambia cuando encuentra una pista que le lleva a aquel que la asesinó y decide ir en su busca para cobrarse su venganza, ayudado por una ex compañera llamada Anna. Aunque ya no pertenece a Third Echelon, Sam aún conserva sus habilidades, lo que unido a que ahora sólo le guía la venganza, le hace más peligroso que nunca. Y es que el Sam Fisher de Conviction es más salvaje que nunca, y no duda en golpear a un hombre hasta llevarlo al borde de la muerte para que confiese. Por lo que vimos en la demo, la forma de contar la historia será muy especial, ya que además de algún flashblack, nos encontramos con que en ciertos momentos se proyectaban escenas de cosas que habían sucedido en otro momento o recuerdos en una pared, como si saliesen de un proyector de cine.