Los acontecimientos de "SaGa Frontier" toman sitio en un universo ficticio llamado "Las Regiones", que incorpora diferentes mundos con diferentes grados de desarrollo tecnológico. El jugador puede optar por seguir uno de los siete escenarios disponibles, cada uno dedicado a un protagonista diferente. Los siete protagonistas del juego son: una chica medio-humana, medio-mística llamada Asellus, que es rechazada por las dos razas y, finalmente, tendrá que decidir a donde pertenece; los magos gemelos Blue y Rouge, que deben descender a los infiernos con el fin de encontrar respuestas sobre su verdadera identidad; una modelo a tiempo parcial y agente secreto Emelia, quien es acusada injustamente de asesinar a su novio; Lute, un bardo que fue expulsado de su casa y que se embarca en una búsqueda para vengar la muerte de su padre; un adolescente llamado Red, que se convierte en un superhéroe con el fin de derribar a un sindicato del mal; un Lummox (una raza de criaturas astutas) nombrado Riki, que vive en un mundo que se encuentra en peligro; y, por último, T260G, un antiguo robot que despierta en los tiempos modernos, y necesita la ayuda de un ser humano para sobrevivir. "SaGa Frontier" se juega de manera similar a sus predecesores inmediatos en la saga; utilizando el llamado Sistema Libre de Escenarios, el juego permite la exploración no lineal y cuenta con muchas misiones secundarias, de forma atípica de los juegos de rol japoneses. Las batallas, sin embargo, se manejan de manera similar a la mayoría de los representantes del género: haciendo uso de ataques físicos, habilidades especiales, o la magia, el grupo controlado por el jugador se enfrenta a los enemigos en un modo basado en turnos. No hay batallas aleatorias en el juego, todos los enemigos están visiblemente caminando en el campo.