El juego no tiene una trama básica. En este sentido, es similar a la saga de videojuegos de Nintendo "Super Smash Brosh". En el modo historia habrá que enfrentarse con personajes al azar en diferentes etapas, y cada personaje tiene dos etapas de envto en las que se enfrenta contra un rival u otro personaje que se relaciona con su historia en el anime. Por ejemplo, en la historia de Barbanegra, uno de los personajes que encuentra en su etapa de evento es Portgas D. Ace.