Luffy y su tripulación navegan cuando una tormenta golpea. La tormenta destruye el barco, y los miembros de la tripulación se encuentran dispersos en toda la isla, lejos los unos de los otros. Por suerte, Luffy encuentra un pájaro que actúa como una guía para el equipo, para que puedan llegar a reunirse. El modo de juego se juega como un juego de rol tradicional. Luffy y su tripulación deambulan por la isla en busca de los demás miembros de la tripulación. El jugador puede elegir tres personajes principales para la batalla, pero se puede cambiar entre los personajes en el campo. Los personajes pueden utilizar sus habilidades especiales para aturdir a los enemigos y activar objetos en el campo. Las batallas tienen lugar en un campo de batalla de cuadrícula. El jugador puede elegir tres personajes principales de la batalla. Puede atacar al oponente, o golpear los obstáculos en el campo de batalla para herir al enemigo. El sistema de batalla también utiliza un sistema de golpe por tiempo, donde pulsando el botón A cuando el ataque impacta causa daño extra, o un movimiento combinado comienza. El número máximo de accesos combo es 4.