El último episodio de la trilogía es una historia original que no se mencionó en la película, aunque fue brevemente mencionada en los dos primeros juegos. Es básicamente una historia de origen que habla de cómo llegó la leyenda de la Bruja de Blair, ambientado en 1785, en los primeros días del Municipio de Blair (posteriormente rebautizado como Burkittsville). El personaje principal de la historia es Jonathan Prye, un ex sacerdote que abandonó el clero debido a una crisis de fe. Prye, ahora un cazador de brujas, es llamado a Blair para investigar los acontecimientos relacionados con la desaparición de una mujer llamada Elly Kedward unas semanas antes. Elly Kedward fue acusada de brujería después de que fue encontrada dibujando la sangre de los niños y realizando rituales paganos. Fue juzgada, declarada culpable y condenada a ser desterrada de la ciudad. Los vecinos la ataron a una carretilla, la arrastraron en los bosques cercanos y la abandonaron para morirse de frío. Kedward desapareció de la carretilla a la cual ella fue atada, y nunca fue vista otra vez.