"Kyusei Kōshū" se basa en el manga y la serie de anime "3x3 Ojos". Cuenta la historia de un adolescente japonés sencillo, Yakumo, que vive en Tokio y trata de estudiar en su escuela secundaria y ganarse la vida trabajando como camarero al mismo tiempo. Su padre fue un famoso explorador y aventurero, pero murió después de un misterioso accidente durante uno de sus viajes a Tibet. Un día, Yakumo conoce a una chica que se llama Pai. Ella le dice que ella pertenece a una antigua raza de inmortales, llamada Sanzhiyan, los de tres ojos. Parece que el padre de Yakumo trabajó junto a Pai, y que el mayor deseo de Pai es convertirse en un ser humano normal. Desde entonces, Yakumo y Pai trabajan juntos, pero deben enfrentarse a otros "Sanzhiyan" - poderosos demonios con sus propios planes malvados. La historia del juego se basa en el siguiente episodio: Yakumo recibe un mensaje de su amigo, el monje budista Naparvha, diciendo que una maldición ha caído sobre una aldea en China. Una joven ha sido asesinada en circunstancias misteriosas, y dos monjes se han quedado dormidos y no pueden despertar. Yakumo visita el pueblo y comienza la investigación, con la ayuda de Yue Hua, la hermana de la chica muerta. El juego es una aventura al estilo japonés. El mundo del juego está compuesto por planos fijos de lugares y personajes de estilo anime, y el jugador interactúa con los objetos y los personajes mediante la selección de opciones de un menú (por ejemplo, "mirar", "hablar", etc.) Las cinemáticas se presentan como secuencias animadas.