Jennifer Simpson es una niña que vive en el orfanato Granite y que un día recibe la noticia de que el señor Barrows está interesado en adoptarla a ella y a sus amigas. Barrows es un millonario que vive en una mansión conocida como Clock Tower (La Torre del Reloj), debido a la gran torre de reloj construida en uno de los laterales de la casa. El juego empieza en el momento en que Mary, la mujer del señor Barrows, lleva a las chicas a la mansión y les hace esperar en el salón principal mientras va a buscar al futuro padre adoptivo. Las muchachas se acaban preocupando por la tardanza de Mary, y Jennifer se ofrece a investigar. Aquí es donde el jugador toma control de la protagonista. Al salir del salón, Jennifer escucha un grito desgarrador. Cuando regresa al comedor, se encuentra con las luces apagadas y la desaparición de sus amigas. La mansión está en absoluto silencio hasta que pronto es perseguida por un niño psicópata armado con unas tijeras gigantescas. Se trata de Bobby Barrows, alias el "Asesino de las Tijeras" (Scissorman), que atormentará a Jennifer durante el transcurso del juego. Desde este punto, la historia puede variar según los pasos que siga Jennifer por la mansión, llevándola a diferentes finales. Existen 9 finales diferentes (8 finales y 1 especial oculto). A medida que el jugador explore la mansión, se encontrará con que, aparentemente, en ese lugar hay algo mucho más siniestro que un niño psicópata. Si Jennifer pierde el conocimiento durante el juego, despertará dentro de una jaula en un cobertizo del jardín, junto con un hombre andrajoso y de aspecto salvaje. A menos que Jennifer le entregue un trozo de jamón al hambriento personaje, esté la devorará. Una vez saciado su apetito sin comerse a Jennifer, el hombre se identifica como Simon Barrows, el marido de Mary y la persona que supuestamente adoptó a Jennifer y sus amigas, mencionando también una "cuna bajo las estrellas". Lotte aparece en ese momento y rescata a Jennifer de la jaula, pero muere acto seguido de un tiro de escopeta por Mary Barrows. Si nada de esto ocurre, Jennifer puede romper un muro frágil en un almacén de la casa, descubriendo una entrada a una habitacíon sellada donde descubre un esqueleto vestido en un rincón. Al examinar el nombre del maletín de médico que hay junto al cuerpo, Jennifer descubrirá que el muerto no es otro que Walter Simpson, el padre de Jennifer. La lectura de una libreta de notas que el cadáver tenía revela que el Sr. Simpson era doctor, y acudió por encargo a la Mansión Barrows para ayudar en el parto de la señora Barrows. Pero después de su nacimiento, el doctor se dio cuenta de que había algo extraño en los dos bebés gemelos y uno de ellos se comió su mano. Mary le encerró entonces en esa habitación para que no revelara a nadie la naturaleza demoníaca de sus hijos y selló la puerta para que muriera al acabarse el aire. La "cuna bajo la estrella" es de nuevo mencionada en las notas, y antes de morir, el doctor Simpson escribió el nombre de su hija con su último aliento.