Después de las aventuras del primer "Chocobo's Dungeon", Chocobo y Mog continúan la búsqueda de un tesoro. Un día, Mog descubre una nueva mazmorra misteriosa y toma el tesoro de su interior. Esto libera un sello que hace que el Bahamut aparezca a medida que la mazmorra se hunde en el océano. Chocobo es rescatado por un joven mago blanco, Shiroma, quien es el único humano vivo en Monster Town. Chocobo debe ayudar a Mog, y encontrar a Bahamut y corregir lo que haya sido revelado en la mazmorra misteriosa. "Chocobo's Dungeon 2" es un simple juego de acción RPG al estilo del anterior juego de "Chocobo's Dungeon". Chocobo debe descender a las mazmorras solo o con un compañero (controlado por la CPU o el segundo jugador), recolectando tesoros, mientras que busca el pasaje al siguiente nivel. El juego se ve desde la parte superior hacia abajo a medida que todos los objetos en la pantalla se mueven al mismo tiempo. Chocobo puede equipar un arma y llevar armadura, mientras que el nivel de hambre se satisface por el consumo de diferentes tipos de frutos secos. Los hechizos se pueden recoger. Mientras se lanzan hechizos sucesivamente aumenta el nivel de manejo de ese hechizo. A diferencia del anterior juego, Chocobo mantiene su nivel y estadísticas entre viajes a la mazmorra. El jefe final te espera tras la realización de la mayoría de los objetivos. Diferentes submisiones están disponibles en los residentes de Monster Town.