Shadow Dancer no sigue la linea argumental de la saga principal Shinobi. La trama sigue con Hayate, el hijo de Joe Musashi. A diferencia de su padre, Hayate es acompañado por su mascota el perro Yamato. La versión para Sega Mega Drive se tituló Shadow Dancer: The Secret of Shinobi. En la historia de fondo, representada en el entonrno Europeo, Hayate fue sustituido por Musashi, mientras que la historia original japonesa retenido Hayate y mantiene su origen. Aunque la base de juego es similar a la versión arcade, ninguno de los contenidos reales de juego (de los niveles de carácter arte) es el mismo