En la consulta de un psiquiatra, el doctor K. (o sea, Kaufmann), el jugador puede interactuar desde una perspectiva en primera persona. Después se deberá llenar un cuestionario el cual, en función de las respuestas, afecta el desarrollo y final del juego. Las preguntas del cuestionario son de índole muy personal. Harry Mason despierta después de un accidente y durante el juego irá recordando ciertos eventos clave en su vida. La base de la trama del juego es similar a la original: Harry Mason busca a su hija Cheryl, en la misteriosa ciudad de Silent Hill, a raíz de su desaparición después de un accidente de coche que lo dejó inconsciente. El resto de la historia, a excepción de algunos nombres de personajes, es radicalmente diferente, comparándolo con el primer Silent Hill.