El segundo "Super Robot War" es el primer episodio canónico, donde se establecen todos los fundamentos básicos de la historia y el sistema para el resto de la saga. La historia comienza cuando un magnífico científico descubre que la Tierra se ve amenazada, y decide construir el robot más poderoso del mundo con el fin de combatir la amenaza. Para apoyar su plan, establece una organización secreta llamada Divine Crusaders (DC), que se embarca en una conquista de todo el planeta. Sólo unos pocos heroicos pilotos robot provenientes de otras populares series animadas de televisión tratan de parar a DC. "SRW 2" es un juego de estrategia por turnos, jugado en un mapa. Lo que lo diferencia de los juegos de guerra típicos es el hecho de que cada unidad es única, con una personalidad y rasgos que controlan directamente el resultado de la historia. La historia es contada a través de secuencias en el escenario y a través del diálogo entre y durante las batallas. Esto hace que el juego se parezca tanto a un juego de rol como a un juego de estrategia. Todas las batallas se ilustran con pequeñas secuencias animadas con los robots dibujados en un estilo cursi "super-deformado". Cada lado tiene un turno propio para mover las unidades y luchar. Cada unidad tiene un valor de movimiento diferente, alterado por el terreno por el que se está moviendo (a menos que la unidad sea aérea). Cuando una unidad se mueve dentro del rango de un enemigo, por lo general puede atacar, aunque ciertos ataques no están disponibles directamente después de moverse. Las armas varían en cuanto a unidad aérea, con base en tierra o unidades submarinas, y también en cuanto a niveles de precisión, que determinarán el tiempo de reacción del objetivo. Cada unidad cuenta con dos armas diferentes, por lo general un arma a distancia, tales como una pistola y un arma de combate cuerpo a cuerpo como puños o espadas. Ciertas unidades ofrecen un arma para lograr la capacidad de reparar las demás. Otra unidad especial es White Base, una especie de avión de cargas. Los robots pueden entrar en dicho transporte y ser llevados a lo largo de grandes distancias, mientras que son reparados al mismo tiempo y lanzados directamente a un batalla. White Base se encuentra a su vez fuertemente blindada y en posesión de armas de larga distancia. La diferencia más evidente entre "Dai-2-Ji Super Robot Taisen" y su predecesor es que los propios robots no están vivos, sino que son pilotados por sus propios pilotos. Esto abre un largo relato con los diferentes tipos de personalidad que determinan los eventos que experimentan. El sistema de energía espiritual, que ya se presentó en el primer juego, ahora está disponible para todos los pilotos. Los comandos espirituales permiten a los pilotos mejorar su capacidad de evasión, precisión, movimiento o salud durante un turno, o incluso reparar otras unidades. En lugar de atacar, las unidades también pueden tratar de negociar con el enemigo con el fin de que él o ella cambie de bando. Este comando es útil sobre todo para aquellos que han visto la serie de televisión original y por lo tanto, sepan quien "supuestamente" cambiará de bando. Por primera vez, "SRW 2" cuenta con personajes originales de Winkey Soft, que provienen del universo de "Lord of Elemental", además de las licencia de "Gundam" (0079, Z, ZZ, F91), "Mazinger" (Z, Great Mazinger, Grendizer) y "Getter Robo" (G).