Los Strogg, una raza alienígena, invadió el planeta tierra, en busca de fuentes de energía, (las que supuestamente eran minerales, combustible y agua) pero resultaron ser los humanos caídos en la batalla que eran sintetizados con material mecánico y convertidos en strogg. Los humanos han encontrado el punto de acceso desde la tierra hasta strogos y se preparan para el asalto, eres un marine, y estás apunto de tirarte en tu cápsula hacia la superficie del planeta, pues no es posible hacer un desembarco con la nave principal ya que las defensas del planeta aún están activadas, la Big gun... Cuando te lanzas, una cápsula cercana te da un golpe y pierdes el control de la cápsula y te estrellas... A partir de ahora vas a ir desde la parte sur de la capital strogg hasta su núcleo a pie, por túneles, canales, etc... Y en el camino deberás resolver puzzles, investigar para conseguir armas, munición y secretos, disparar, disparar y pensar bien los disparos.