La historia comienza con Ly. El hada, contando lo sucedido de como unos malvados piratas del espacio han invadido el mundo de Rayman. Su misión es capturar y secuestrar a todos sus habitantes para venderlos en un circo intergaláctico. En el ataque, los 1.000 lums (800 en PlayStation) de energía quedaron dispersos en todo el mundo, y Rayman ha quedado prisionero en la nave pirata, además de haber perdido todos sus poderes. Luego encierran a un viejo amigo con él, Globox, quien llevava consigo un lum de plata que le enviaba el hada Ly a Rayman. Con el lum de plata Rayman era capaz de volver a disparar su puño y usarlo para escapar por el ducto de ventilación. En el escape, Globox y Rayman caen de la nave a la Tierra y quedan separados. En la Tierra, tras haber hablado con los hijos de Globox y haberlos desilusionado por no estar su padre con él, Rayman llega a una base pirata, donde libera a Ly de un campo magnético. Allí, Ly le explica lo que está pasando y que la única esperanza sería invocar al dios creador del planeta, el mago Polokus. Es el único capaz de devolver a Rayman sus poderes y de ayudarle a salvar a los demás. Pero para ello debe conseguir “Las Cuatro Mascaras�, las cuales tenían poder ilimitado y podrían usarse para dicha tarea. De aquí Rayman emprende su gran viaje, buscando Las Cuatro Máscaras, liberando a todos sus amigos y derrotando los piratas que se interpongan en su camino.