Neo Zeed amenaza nuevamente al mundo. El malvado sindicato del crimen ha vuelto, liderado por un hombre conocido como el Shadow Master, un clon malvado de Joe. Joe Musashi siente su presencia, y baja de las solitarias montañas japonesas para combatir nuevamente a su archienemigo. Él es el Shinobi, más fuerte que el acero y más rápido que el remolino, el último guardián de las técnicas del Oboro Ninjitsu. Sólo él puede detener a Neo Zeed.