La historia del juego nos situa en un enfrentamiento entre Humanos y Timenoids. Los primeros desean el secreto de la inmortalidad en manos de los Timenoids, y estos a su vez, sueñan con ser la única raza inteligente del planeta. La protagonista del juego es Millenia, una joven Humana adoptada por los Timenoids a corta edad, ella será el instrumento de batalla de los Timenoids contra los Humanos. Este es el comienzo, pues en el juego según las decisiones que adoptemos podremos llegar a uno de los cuatro finales que existen. La acción se desarrolla en tes localizaciones: la vieja mansión, el palacio de los Timenoids y el lugar sagrado de los Timenoids. Aquí irán transcurriendo los 24 episodios de los que consta Kagero 2. En ellos debemos cumplir unos determinados objetivos que nos facilitan al inicio de cada capítulo. El juego nos sitúa en un entorno 3D en tercera persona, se trata de una aventura con toques de estrategia. Y la gran originalidad y plato fuerte, junto con la adicción, es el que tendremos que enfrentarnos contra diferentes personajes que irán desfilando por las tres localizaciones que nos brinda el juego. La forma de acabar con nuestros enemigos será a través de trampas. Pueden ser de tres tipos: pared, cielo y suelo. Un ejemplo de estas podrían ser: flechas de fuego que salen de la pared, roca que cae del cielo o explosion en el suelo. Según vayamos pasando de episodios nos irán dando puntos para canjear por nuevas trampas, cada vez más poderosas.